本系為新興創立之科系，以「海洋能源與海事工程」為研究發展原則，整合本校包含河海工程學系、輪機工程學系、機械與機電工程學系、系統工程暨造船學系、光電材料科技學系等專業科系之教學資源。課程教學研究(實驗室)如下。
學域
實驗室名稱
指導教授
河海工程學系
工程材料暨力學實驗室
葉為忠 老師、張建智 老師
力學聲響震動實驗室
陳正宗 老師
水資源管理研究室
黃文政 老師
海洋測量研究室
蕭松山 老師
流體力學實驗室
石瑞祥 老師
輪機工程學系
能源管理實驗室
陳俊榮 老師
機械與機電工程學系
CNC實驗室
莊水旺 老師
自動化實驗室
CAE實驗室
材料機械性質實驗室
王星豪 老師
焊接實驗室
創意設計實驗室
林鎮洲 老師
機構設計實驗室
系統工程暨造船學系
最佳化設計實驗室
邱進東 老師
船舶操縱運動模擬實驗室
方志中 老師
機電系統控制實驗室
余興政 老師
