本系為新興創立之科系，以「海洋能源與海事工程」為研究發展原則，整合本校包含河海工程學系、輪機工程學系、機械與機電工程學系、系統工程暨造船學系、光電材料科技學系等專業科系之教學資源。課程教學研究中心如下。
研究中心名稱
主持人
海洋工程科技中心
許泰文 老師
近海科技防災研究中心
簡連貴 老師
先進製造工程研究中心
莊水旺 老師
DITSA壓鑄技術產學服務聯盟
莊水旺老師
雲端自動化河海測量系統產學技術聯盟
方惠民 老師
